El 16 de enero de 1966 se escribe la página más gloriosa del club cuando Alianza, ante un marco impresionante de aficionados, derrota en el estadio nacional de la Flor Blanca al Santos de Brasil, equipo que tenía al máximo exponente del fútbol mundial: Pelé. Alianza contó en aquel partido con los refuerzos del “Príncipe” Ruano, el argentino Dante Juárez y sus compatriotas Juan Verón y Santiago, quienes estaban en gira por tierras centroamericanas con su equipo Estudiantes de la Plata, de Argentina. La “Orquesta Alba” había nacido.
A partir de las épocas gloriosas de los años sesenta, viene un período muy largo en el cual ALIANZA no logra conseguir Campeonatos Nacionales, pero después de casi veinte años de espera se consigue la Tercera Corona el 22 de Febrero de 1987, en un emocionante partido realizado en el Estadio Cuscatlan de San Salvador, contra el Aguila de San Miguel.
Por muchos años ALIANZA no consigue triunfos internacionales relevantes, es hasta el 11 de junio de 1997, que con una brillante victoria sobre el Saprisa en San José Costa Rica, ALIANZA conquista el Título denominado ¨Los Grandes de Centroamérica¨. En este Torneo se derrotó a fuertes rivales como el Comunicaciones de Guatemala, el Equipo era dirigido por el uruguayo Juan Carlos Masnick.
Contando con el equipo base que consiguió el Torneo ¨Grandes de Centroamérica¨, ALIANZA consigue su sexta corona el Domingo 17 de Julio de 1997, derrotando a Firpo 3-2 en el Estadio Cuscatlan. Los goles de ALIANZA fueron anotados por Milton ¨Tigana¨ Meléndez, Héctor Joaquín Canales y por el ¨Chocho¨ Salgado. Eran figuras de aquel equipo los argentinos Horacio Lugo y Marcelo Bauza, el uruguayo Alejandro Curbelo y Adrián de la Cruz, nacionalizado salvadoreño, destacaban también los nacionales Mario Elías Guevara, William Chachagua, Rodrigo Osorio, Nelson la ¨Piocha¨ Rojas entre otros.